Elle les connaît par cœur, ces neuf mètres carrés qui l’ont vue grandir.
L’auxiliaire étant avoir, l’accord ne peut s faire qu’avec le COD s’il y en a un et s’il est placé avant.
Ici, le COD est en effet |l’|. L’accord se fait avec lui, qui est féminin singulier.
Elle les connaît par cœur, ces neuf mètres carrés qui l’ont vue grandir. Sens :  qui l’ont vue en train de grandir