Le COD du verbe « réfléchi » n’est pas le nom « bêtises » mais le pronom « que ».
On a deux propositions qui ont chacune leur verbe, leur sujet et leurs compléments (« faire » n’en a qu’un : ‘que ») :

C’est un endroit où on réfléchit aux bêtises : « bêtises » est nom COI du verbe « réfléchir »
que l’on a faites : « que » est pronom COD du verbe « faire »
>> auxiliaire avoir – accord avec le COD car placé avant – le COD est féminin pluriel comme le nom qu’il reprend (le nom « bêtises ».