Historiquement, le mot enfant n’était pas grammaticalement genré, donc masculin. On précisait (état-civil) un enfant mâle ou femelle. C’était le statut de « celui qui ne parle pas » (latin infans). Après le XVIIIe siècle, on a commencé  à mieux considérer le sexe des nouveau-nés et à attribuer un genre au mot sans le féminiser lui-même et il est donc devenu épicène.
De nos jours, on tient compte du sexe pour accorder mais c’est souvent pour un âge plus avancé, jusqu’à l’adolescence. Pour un nouveau-né, vous gardez le choix.
PS Vous pouvez comparer avec le mot bébé qui a remplacé enfant pour les nourrissons et pour lequel on ne se préoccupe pas du sexe.