Il y a une différence. Le mot de liaison établit des liens logiques mais d’autres éléments peuvent établir des liens logiques.
Les liens logiques se sont les relations qui existent entre les idées d’un texte. Ces liens peuvent être explicites et alors s’expriment par des mots de liaison  mais ces liens peuvent être  marqués par la ponctuation ou être implicites et on parle alors de *** cteurs logiques. Ces liens peuvent aussi s’exprimer autrement dans le texte, notamment par des constructions verbales.

Exemple :
Il pleut. Je prends mon parapluie : lien logique non exprimé
Il pleut : Je prends mon parapluie :  le lien logique est le *** cteur « deux points »
Il pleut donc je prends mon parapluie : le lien logique s’exprime avec le *** cteur « donc ».
Il pleut, ce qui implique que je prends mon parapluie : la construction verbale « ce qui implique que » exprime le lien logique