Dans la forme développée, mettez une majuscule uniquement au premier mot de l’appellation officielle qui a servi à construire ce sigle :
— Nous avons saisi la Commission paritaire des publications et des agences de presse.
Si le fait que les derniers mots soient écrits sans majuscule crée un problème de lisibilité (où s’arrête donc le nom ?), vous pouvez envisager de mettre l’ensemble en italique :
— Nous avons saisi la Commission paritaire des publications et des agences de presse pour avis.
Une virgule ou le sigle entre parenthèses peuvent aussi servir de délimitateurs :
— Nous avons saisi la Commission paritaire des publications et des agences de presse, pour avis.
— Nous avons saisi la Commission paritaire des publications et des agences de presse (CPPAP) pour avis.