bien qu’elle soit celle de toute la science moderne, cette philosophie n’est que trop rarement mise en œuvre dans les sciences sociales.

Ne… que signifie seulement : je ne prendrai que du thé = je prendrai seulement du thé

Elle est rarement utilisée
Elle n’est que rarement utilisée= elle est utilisée uniquement rarement
L’adverbe « trop » vient intensifier le premier adverbe « rarement ».
J’espère avoir été assez claire Your, sinon, n’hésitez pas à poser d’autres questions.