Le présentatif il y a  est généralement suivi d’un nom : il y a un certain intérêt à lire cet article – il y a un arbre au milieu de la cour.
« Il y a  que » + proposition est du registre oral : il y a qu’elle m’ennuie – il y a qu’elle est complètement hors sujet.

Il y a qu’elle ne m’a pas encore appelé
On ne peut  remplacer « il y a que » par « c’est ». Et d’ailleurs, dans votre phrase, vous avez rajouté  « le problème »: le problème, c’est qu’elle ne m’a pas encore appelé ; et en effet il y a que souligne un problème, un obstacle, une objection…
Ce que je constate, c’est qu’elle ne m’a pas encore appelé.
Je vous fais remarquer qu’elle ne m’a pas encore appelé.
Il faut prendre en considération qu’elle ne m’a pas encore appelé.

On a donc une certaine équivalence des formulations que vous proposez