Bonjour,
Votre phrase comporte deux assertions emboîtées.
1.L’expression être étonné est assimilable à une forme passive, car c’est son complément qui étonne.  Elle introduit donc un complément d’agent soit sous la forme  d’un substantif (Je suis étonné de ta venue/par ta réussite.), soit sous la forme d’une proposition conjonctive conjuguée au subjonctif si le sujet de celle-ci est différent de celui de la principale (Je suis étonné que tu viennes/qu’il réussisse.), soit d’une construction à l’infinitif si le sujet est identique (Je suis étonné de réussir.)
2.Le verbe apprendre appelle un complément d’objet direct qui prend la forme soit d’un groupe nominal (J’apprends ta réussite.), soit d’une proposition complétive dont le verbe est conjugué à l’indicatif, y compris le conditionnel(J’apprends qu’il  a réussi/qu’il  pourrait voler.) jamais au subjonctif (*J’apprends qu’il puisse voler.)

Dans votre phrase le mode du troisième groupe verbal dépend donc du verbe apprendre, ce qui exclut normalement l’emploi du subjonctif. La construction correcte est donc : Je ne serais pas étonné d’apprendre qu’il pourrait voler seul. D’ailleurs, si vous généralisez l’information, vous constatez que le conditionnel paraît plus évident : Je ne serais pas étonné que l’on apprenne qu’il pourrait voler seul.
Cependant, de manière abusive, il est fréquent d’entendre le subjonctif comme si l’expression étonné d’apprendre constituait une locution adjectivale non dissociable. Je ne serais pas [étonné d’apprendre = surpris] qu’il puisse voler seul.