Je pense comme Marie DK que les deux sont possibles.
Il y a d’ailleurs une différence sensible de sens.
Ce qui compte, c’est que tu sois là  peut avoir une valeur généralisante. Dans l’abstrait, de façon générale, maintenant ou demain, ta présence est ce qui est important.
Mais : Ce qui compte, c’est que tu es là : cette fois-ci on a deux affirmations de deux faits : une chose est importante/compte vraiment et tu es là et c’est cette chose.

Plutôt qu’aux règles, et de peur qu’elles ne deviennent (ici, impossible d’utiliser l’indicatif présent du verbe devenir même si cela ne se voit pas*) des conventions, je préfère m’en référer au sens.

*Avec un verbe qui a deux formes bien visibles pour le subjonctif et l ‘indicatif : Plutôt qu’aux règles, et de peur qu’elles ne soient que… (impossible de dire  : et de peur qu’elles sont)