Il faut se mettre d’accord sur un projet qui permet de ? qui permette de ?
Les deux modes sont possibles.

Il faut se mettre d’accord sur un projet qui permet de … ce projet est considéré comme existant dans l’esprit de l’énonciateur.
Il faut se mettre d’accord sur un projet qui permette de ... ce projet est (encore) virtuel dans l’esprit de l’énonciateur.

On peut même avoir le conditionnel :
Il faut de mettre d’accord sur un projet qui permettrait de... pour exprimer l’hypothèse qu’un tel projet existe.