La règle est simple et permanente et devrait s’appliquer partout :
— soit le mot est lexicalisé, reconnu par des dictionnaires et a un statut de nom ou d’adjectif : il n’y a alors pas d’apostrophe et il s’accorde en nombre. Ce ne devrait pas être le cas ici, sup n’ayant pas un emploi normalisé. Mais si vous estimez le contraire, vous devez écrire « des heures sups « .
— soit il s’agit d’une abréviation ponctuelle (élision en milieu de mot ou apocope à la fin) et on remplace toutes les lettres manquantes par une apostrophe. Il n’y a évidemment pas d’accord : « des heures sup’‘ » (comme le Vel’ d’Hiv’).

Les excuses pour ne pas respecter des règles étant légion (parfois en provenance des autorités elles-mêmes), on trouve bien entendu de tout. À vous de voir…