La forme personnelle avec reprise pronominale est correcte (même si apparemment, celle sans serait « de meilleure langue »), extrait de l’Académie sur ce point :
Quand une interrogative partielle commence par un pronom interrogatif sujet ou par un déterminant interrogatif, il est de meilleure langue de ne pas reprendre ce sujet par un pronom personnel, même si cette construction se trouve sous la plume de grands auteurs. On se souviendra donc que l’on dira plutôt Combien d’auteurs sont sélectionnés ? que Combien d’auteurs sont-ils sélectionnés ?),

donc Combien d’heures s’étaient-elles écoulées ? doit  être acceptée. On en trouve d’ailleurs facilement des occurrences.

(L’alternative avec la forme impersonnelle proposée par Joëlle est peut-être moins déroutante.)