La réponse de Joelle rappelle le sens de base qui est que plusieurs navires (puis personnes) se déplacent ensemble et se protègent mutuellement, même sans intérêt commercial commun. L’expression est plus ancienne que le XVIe siècle puisqu’on en trouve déjà trace au XIVe siècle.
Il faut employer cette tournure avec précaution car elle est souvent substituée à tort à faire de concert, en se concertant, en se mettant d’accord auparavant : « Les deux amants ont agi de concert pour éliminer le mari gênant. »