Les locutions se compter en et se compter par suivies d’unités se construisent invariablement avec un pluriel :
– Les victimes se comptent par dizaines, par milliers ;
– Les disparus se comptent en centaines, en millions.

PS Pour les abréviations (tableaux en particulier) d’unités de grande et très grande taille, vous pouvez de nos jours utiliser les préfixes grecs. Ils étaient auparavant limités aux milliers (kilo-) mais se trouvent désormais généralisés sur le plan international :
– kilo- (k) : millier (kilomètre = km) 
– méga- (M)– : million (mégajoule = MJ) 
– giga- (G)- : milliard (gigaeuro = G€) 
– téra- (T) : millier de milliards (térawatt = TW) 
Et la liste continue ainsi par tranches de 1000…