Elles s’étaient trouvées piégées.
Nous avons là deux participes passés qui se suivent et c’est peut-être ce qui vous trouble.

« Piégées » est employé comme adjectif et est attribut du sujet « elles ». Accord avec ce pronom.

« Trouvées » est le participe passé du verbe trouver conjugué au plus que parfait avec emploi de l’auxiliaire être. Son accord est conforme à a règle du PP : avec « être » le PP s’accorde avec le sujet. Ce sujet est « elles ».