La forme « remercier de  » est plus ancienne et répandue, que le complément soit d’objet ou adverbial. Mais en français moderne, comme le souligne Grevisse (288 a), il y a concurrence entre les deux formes que rien ne semble départager clairement. Au mieux, la notion de causalité dans le complément pourrait favoriser le « pour », mais cela reste fumeux et les attestations sont nombreuses pour les deux tournures. L’Académie est totalement muette là-dessus.

Personnellement, j’emploie les deux indifféremment, sans état d’âme.