À partir du moment où par métonymie vous parlez d’un « cours moyen » pour un « élève de cours moyen » (idem pour élémentaire), il faut en tirer les conséquences et accorder normalement au pluriel. C’est en infraction au sens (il n’y a qu’un niveau) mais il faut bien choisir. Graphiquement, une autre solution est d’employer des guillemets qui isolent le raccourci et dispensent de l’accord (Les « cours moyen première année ») ou d’utiliser l’abréviation scolaire (Les CM1).