Bonjour,

A ma connaissance, on peut utiliser « non seulement » en début de phrase, mais ce qui suit votre « mais en plus » devrait concerner la décision, par exemple, « mais en plus, elle [la décision] a été prise sans considération du fait que… ». C’est très lourd, et vous pouvez exprimer la même idée en deux phrases, sans le « non seulement » :
Cette décision est contraire aux procédures spécifiques à l’école. De plus, le  professeur a omis de noter que l’élève était absent.

Attention aussi à la virgule, qui doit être placée avant le mais.  « Non seulement (…), mais…