Bonsoir,
Les deux modes sont possibles et se différencient par une nuance d’intention. Avec l’indicatif, l’impossibilité est factuelle (« Vous comprendrez que je ne peux…« ) : l’interlocuteur est invité à admettre la réalité.  Avec le subjonctif, l’impossibilité est d’abord pensée (« Vous comprendrez que je ne puisse… ») : l’interlocuteur est invité à s’approprier le cheminement mental de l’énonciateur. Après la formule « Vous comprendrez… » qui appelle à mener un raisonnement,  le subjonctif paraît plus évident, mais certains contextes peuvent néanmoins lui préférer l’indicatif.