Il était maintenant tellement habitué à ne plus me voir, qu’il ne m’a pas demandé pourquoi je n’étais pas venue… sûrement parce que mon absence était passée inaperçue.

La phrase est au système du passé. L’antériorité se marque avec le plus que parfait. Vous l’avez choisi spontanément pour le verbe venir. Il le faut aussi pour passer.
Remarques :
– l’adverbe ‘maintenant’ désigne généralement le présent du locuteur. Quand il s’agit du passé, on emploie ‘alors’. Mais ‘maintenant reste possible (on se transpose dans le passé
– le plus que parfait est utilisé pour marquer l’antériorité dans une phrase au passé
– le passé composé il ne m’a pas demandé a le rôle qu’aurait un passé simple : il ne me demanda pas