Le subjonctif imparfait sert à exprimer une action incertaine, non réalisée au moment de l’énonciation. Le subjonctif imparfait a la même valeur que le subjonctif présent, mais il est employé dans un texte écrit au passé.

Donc, vous pouvez utiliser le subjonctif imparfait dans votre phrase mais le subjonctif présent est possible aussi.
Du fait de l’obscurité, je n’étais pas certaine qu’il fût vraiment là. / qu’il soit là.