Vous avez le choix.
Comment est-ce que vous souhaitez que je vous appelle ?
Comment vous souhaitez que je vous appelle ?
Et pour une langue plus soutenue vous pouvez encore dire ou écrire  :
Comment souhaitez-vous que je vous appelle ?
Nous avons en français trois possibilités.
– (mot interrogatif) + est-ce que + ?
– (mot interrogatif) + ?
– (mot interrogatif) + inversion du sujet + ?
Le mot interrogatif est utilisé pour les interrogations dites partielles (la question porte sur la manière ou la cause ou le lieu….)

Interrogation totale (on répond par ou i ou par non) :
Est-ce que vous viendrez ?
Vous viendrez ?
Viendrez-vous ?