Bonjour

Si vous vous adressez à une seule personne, masculine, c’est : êtes-vous bien certain ?
et si la personne est féminine, c’est : êtes-vous bien certaine ?
Certain est un adjectif qualificatif qui s’accorde en genre et en nombre avec son sujet, ici vous mis pour une seule personne.
Si vous vous adressez à un groupe, vous direz : êtes-vous bien certains, ou certaines si ce sont uniquement des filles, mais on n’est plus dans le cadre du vouvoiement.