Bonjour,
Avec votre exemple, « Je fais le maximum, soyez-en certain/certaine !« , l’accord sur lequel vous hésitez concerne en fait uniquement le segment « Soyez certain/certaine ! » : il s’agit d’une construction attributive avec le verbe être à l’impératif.
Après le verbe être (qui n’est qu’une simple « copule »), l’adjectif attribut s’accorde toujours avec le sujet, sauf qu’avec l’impératif, le sujet n’est pas explicite mais implicite. Néanmoins, c’est bien le pronom personnel vous, à savoir la personne à qui s’adresse le locuteur, qui est le sujet. On pourrait alourdir l’exemple, s’adressant à la directrice : « Je fais le maximum,  il faut que vous en soyez certaine ! » On dit donc : « Je fais le maximum, soyez-en certaine !«