Bonjour.
Les adjectifs numéraux cardinaux, comme neuf dans votre exemple, sont invariables, sauf vingt et cent, quand ils sont multipliés (quatre-vingts, six cents) et s’ils ne sont pas suivis d’un autre adjectif numéral (quatre-vingt-cinq, six cent quarante).
Donc « avec ses neuf usines »
Cordialement.