Bien que le verbe « imaginer » s’utilise de différentes façons, suivi parfois de l’indicatif (j’imagine qu’il viendra), et parfois du subjonctif (imagine qu’il vienne), ici, vous avez clairement choisi un sens appelant le subjonctif.
— Imagine qu’ils fassent cela…
— Imagine qu’ils aient fait cela…

Dans la construction en « c’est… qui… », on utilise deux subjonctifs ou deux indicatifs. Le deuxième verbe n’est en aucun cas indépendant du verbe introducteur « être ».
— Je sais que c’est Paul qui finit, qui finira, qui a fini, qui avait fini… le premier.
— Je crains que ce soit Paul qui finisse, qui ait fini… le premier.

Notez aussi que dans la construction en « c’est… qui… », on utilise le pluriel pour introduire un sujet réel pluriel : je crois que ce sont des jeunes qui… Préférez donc : imagine que ce soient des jeunes qui…

Le conditionnel n’a aucune raison d’apparaître sans prévenir dans votre phrase.

Enfin, tandis qu’à l’indicatif il y a une différence entre « je sais que des jeunes ont fait cela » et « je sais des jeunes avaient fait cela », ce double niveau n’existe pas au subjonctif, et on écrit pour les deux sens : je crains que des jeunes aient fait cela.

Pour votre phrase, vous devez donc écrire :
— Imagine que ce soient des jeunes qui aient fait cela.

Il existe bien des cas où deux verbes liés par un pronom relatif sujet peuvent avoir des modes (indicatif, subjonctif, conditionnel) différents, quand ils sont indépendants l’un de l’autre, et même parfois quand le premier est le verbe « être », mais pas avec la simple formule d’introducteur du sujet réel « c’est… qui… ».