En changeant de personne, on perçoit mieux que les deux modes sont possibles.
L’indicatif focalise sur le fait qui a eu lieu effectivement :
Elle a juste parfois du mal à accepter que tu as eu une vie amoureuse avant elle.
Le subjonctif « entre » dans la subjectivité du sujet de la principale qui doute du fait :
Elle a juste parfois du mal à accepter que tu aies eu une vie amoureuse avant elle.

C’est donc à vous de choisir :
Elle a juste parfois du mal à accepter que j’ai/ j’aie eu une vie amoureuse avant elle.