Tout dépend du contexte. S’il s’agit de magasins qui adhèrent, qui sont en train d’adhérer à la fédération, il semble qu’il faille employer le participe présent : adhérant.
Si l’on parle de magasins qui sont membres de la fédération, qui ont acquitté leur adhésion, dans ce cas ce sont les magasins adhérents. Reste à savoir si ce sont des magasins adhérents de la fédération, ou à la fédération. Je penche pour « adhérents de la fédération ».