Comme passer, trépasser se conjugue avec l’auxiliaire avoir quand on veut exprimer l’action qui s’est passée à l’époque dont on parle et avec l’auxiliaire être quand on veut exprimer l’état résultant de cette action.
Dans votre exemple, il semble que vous évoquez l’action de mourir : « Elle a trépassé il y a trois années déjà. »
Mais on dirait : « Elle est trépassée depuis trois années déjà. »