C’est avec sérieux , implication et autonomie que j’ai mené ou (ée) à bien les missions qui m’étaient confiées.

Il se peut, Nadou que vous n’avez pas reconnu « que ». Il ne s’agit pas d’un pronom relatif  qui reprendrait « autonomie » par exemple, mais de la conjonction en lien avec « c’est » : « c’est … que » est une formule d’insistance.

S’il y a un COD dans cette phrase, c’est « missions », complétant et placé après le verbe « mener ».
Ai mené : auxiliaire avoir + PP pour lequel  il n’y a pas donc d’accord.