En dehors de la question de l’accord, la tournure « utiliser des anathèmes » est assez malencontreuse.  Les anathèmes (synonyme d’excommunication), ça se profère, ça se lance, ça se prononce.
On peut en revanche utiliser l’anathème (au singulier) comme arme ou comme méthode.
À comparer avec des tournures comme « utiliser des cris », « utiliser des insultes », etc.