La locution « en premier lieu » joue-t-elle un rôle dans le temps du verbe ?  Telle est votre question.
Czardas a dit que « en premier lieu » est une locution adverbiale ; elle signifie « premièrement.
Cet adverbe -qui donc signifie la place chronologique que tient ce qui est exprimé par le verbe  (action, devenir, état) ne joue aucun rôle dans le choix du temps.
En deuxième lieu, en troisième lieu, … :  deuxièmement, troisièmement, …
En premier lieu, nous consulterons la carte – en premier lieu nous consultons le carte – en premier lieu nous consultâmes la carte, etc.

Il existe en effet des adverbes qui, situant dans le passé, dans le présent ou dans le futur, ont, par leur sens, ne influence sur le temps :
Exemples :
Jadis >> passé  — aujourd’hui >> présent  —  demain >> futur

Pour ce qui est du sens de votre phrase, en effet elle est obscure. Je vous propose de reformuler votre pensée, en deux phrases par exemple, pour que chaque information soit exprimée clairement. A vouloir caser trop d’informations dans une seule phrase -courte- on se complique la tâche et on perd en efficacité.

« La seule exception est l’élève qui était très bon en maths en premier lieu ».
Trois notions :
– l’exception
– la priorité (dites ce dont il s’agit, ce qui a lieu en premier)
– la performance de l’élève