Comme pour ‘c’est’ le singulier est possible dans tous les cas :
C’est eux qui ont sonné à ma porte.
C’est est un présentatif, comme voilà ou il y a. Contrairement à eux il peut varier en nombre et en  temps.
La langue soutenue demande le pluriel : ce sont eux qui…

Ici vous pouvez donc écrire : Il n’avait plus rien, si ce n’était/ n’étaient le vide et la maigre consolation