Les bâtiments se vidaient, et au commissariat, seuls demeuraient une poignée d’individus en cellule, surveillés par des agents d’astreinte. 

En principe, vous avez le choix : un groupe d’élèves passe/passent ; il faut juste savoir si dans votre esprit, vous privilégiez le groupe (unité) ou la quantité (plusieurs choses).
Donc, bonne nouvelle, personne ne vous dira « c’est faux ».
Pour ma part, quand on a un collectif relevant d’un sens figuré, je préfère accorder au pluriel, ce qui est le cas de votre phrase.