La forme « en » date de la période où certaines villes étaient aussi des États : typiquement Avignon  où résidait la Papauté. On demeurait donc « en Avignon », dans l’État pontifical et non dans la ville.
De nos jours, cela est devenu un « tic », et l’on y va de son « en Arles » et autres aberrations. Dit-on dans le nord « en Abbeville » ou « en Arras » ?
Marseillais d’origine, je n’entendais jamais cela enfant.