« les connaissances que j’aurai assimilées en formation » : vous évoquez quelque chose de probable qui, si vous suivez ce cursus, se fera, donc il faut utiliser l’indicatif et non le conditionnel qui exprime quelque chose de seulement éventuel.
« Je souhaiterais pour ce nouveau cursus être en alternance  afin de pouvoir mettre en application les connaissances que j’aurai assimilées en formation ».

Le « je souhaiterais » du début ne doit pas tromper, il s’agit d’une formule de politesse.