Il faut bien sûr utiliser l’indicatif.

On peut éventuellement critiquer l’usage du passé antérieur qui marque l’antériorité par rapport à un événement du passé.
En effet on peut considérer que le participe présent remplace une subordonnée au passé [on le voit qui fuyait/fuit (passé simple)] et dans ce cas la passé antérieur est le bienvenu.

Vous pouvez aussi utiliser le passé composé en considérant que le participe présent remplace un verbe au présent : on le voit qui fuit (présent). Dans ce cas, l’action de commettre son agression, antérieure par rapport à l’action de fuir qui est racontée au présent, réclame le passé composé :  Sur la vidéo de surveillance, on le voit fuyant après qu’il a commis son agression.