Le subjonctif n’exprime pas forcément le doute. Et même … rarement.
Le doute est ici exprimé par « il semble ». Le subjonctif serait superfétatoire s’il exprimait lui aussi le doute.
Le subjonctif est choisi quand le fait n’est pas considéré comme une réalité mais comme une « vue de l’esprit », un sujet sur lequel penser.
Or, avec ce début de phrase : « il semble », le fait peut effectivement être vu de cette façon, et on aura le subjonctif pour le verbe qui suit : il semble que ce soit la bonne réponse. Mais il peut aussi être considéré comme un fait considéré et finalement adopté comme réel  par l’émetteur ou  par le destinataire :
 il semble que c’est la bonne réponse.
la nuance est précieuse, comme toute nuance, selon le mode choisi.
La phrase comportant le subjonctif se situe au niveau de la réflexion (de l’abstraction), celle qui comporte l’indicatif, dans le réel.