Les crises d’épilepsie que cela avait provoquées par la suite …
Nous n’avons pas là une exception. La règle s’applique normalement.

Cette phrase complexe (inachevée et que je vais compléter pour l »analyse)
Les crises d’épilepsie que cela avait provoqué par la suite le fatiguaient beaucoup.
se compose des deux phrases de base suivantes :
1 Les crises d’épilepsie le fatiguaient beaucoup.
2 cela avait provoqué par la suite des crises d’épilepsie.
En subordonnant la 2 à la 1, on ne peut répéter l’élément souligné; on le remplace par le pronom relatif « que » dans la proposition 2 subordonnée.
Comme il était COD en 2, le pronom « quel reste COD dans la phrase complexe, mais comme il est placé avant le verbe, il y a accord du participe passé avec lui.

Merci pour cette réponse Tara. Cette phrase, je l’ai donnée telle quelle car elle est comme ça dans le texte. C’est une phrase nominale sans verbe principal. J’avais bien repéré le COD même si j’ai désigné son antécédent par facilité. Mais cet accord continue à semer le trouble dans mon esprit.

Deux choses :
– ce n’est pas une phrase nominale. C’est une phrase syntaxiquement inachevée.
Voici une phrase nominale : Aujourd’hui : confection d’un gâteau au chocolat. Le prédicat (fonction habituellement remplie par le verbe) est ici un nom (nominalisation du verbe « confectionner »).

– cette impression d’étrangeté que vous avez concernant l’accord du PP tient à ce que cette règle du participe passé est une règle « artificielle ». Inventée par le poète du XVIe siècle, Clément Marot, elle a été conventionnellement instaurée au XIXe siècle.
D’ailleurs, elle est très mal respectée, et peut-être même de plus en plus oubliée, surtout à l’oral, même par des personnes dites cultivées.