La locution verbale s’en foutre (ou les  équivalents se foutre de, se ficher de, s’en taper, etc.) est de nature essentiellement pronominale. Ces formes n’admettent pas de complément direct et ne s’emploient pas sans le pronom, qui ne s’analyse pas et n’a pas de fonction grammaticale. Pour cette catégorie de verbes, l’accord du participe se fait donc avec le sujet.
– Elle s’est foutue de lui ;
– De la décision de justice, ils s’en sont foutus.

PS Il est évident que le verbe foutre s’emploie aussi de manière non spécifiquement pronominale avec le sens de mettre. L’accord se fait alors normalement avec un éventuel C.O.D. antéposé :  Ils se sont foutu des gnons pendant dix minutes, les baffes qu’ils se sont foutues,  elles s’étaient foutu le doigt dans l’œil jusqu’au coude, etc.