La question est intéressante car votre hésitation révèle un phénomène linguistique assez subtil.
En effet, comme pour séparation, la dissociation est originellement le fait de dissocier des éléments joints . La préposition naturelle est donc de (des, du, d’). 
Mais avec le temps, le sens du mot a aussi évolué vers le résultat de cette action. Ce n’est plus seulement le mouvement mais l’état.  Cela a donc logiquement amené à utiliser entre, plus adapté pour un constat.
Pour prendre un exemple connu, on a beaucoup parlé au début du XXe siècle de la séparation de l’Église et de l’État parce qu’il s’agissait bien de mettre en place deux entités distinctes. On peut de nos jours parler de la séparation entre l’Église et l’État puisque l’opération est achevée et qu’on s’intéresse désormais plutôt à la frontière existante.