Le pronom est ici complément d’objet de découvrir et non de faire. Ce dernier est un semi-auxiliaire (il « aide » à préciser l’infinitif qui suit) et ne s’accorde pas. Le cas est identique avec laisser.
Donc :
« Cette belle histoire, ils nous l’ont fait découvrir autrefois. »
« Cette belle histoire, ils nous l’ont laissé découvrir. »