Il était maintenant tellement habitué à ne plus me voir, qu’il ne m’a pas demandé pourquoi je n’étais pas venue… sûrement parce que mon absence était passée inaperçue.

La phrase est au système du passé. L’antériorité se marque avec le plus que parfait. Vous l’avez choisi spontanément pour le verbe venir. Il le faut aussi pour passer.
Remarques :
– l’adverbe ‘maintenant’ désigne généralement le présent du locuteur. Quand il s’agit du passé, on emploie ‘alors’. Mais ‘maintenant reste possible (on se transpose dans le passé
– le plus que parfait est utilisé pour marquer l’antériorité dans une phrase au passé
– le passé composé il ne m’a pas demandé a le rôle qu’aurait un passé simple : il ne me demanda pas

Merci pour votre réponse et vos explications complètes qui m’aident à comprendre !

Ici, les deux formes peuvent se defendre, mais « mon absence est passee inapercue » est plus naturel et vivant, car tu decris une consequence immediate et toujours vraie au moment du recit. Dire « etait passee inapercue » mettrait l’accent sur le fait que c’etait dans le passe, mais cela donne un effet un peu plus detache ou narratif, moins direct. Dans ton contexte, ou tu expliques pourquoi il ne t’a pas demande, le present (« est passee ») fonctionne mieux.