Bonjour ou bonsoir,

« Il les a vu arriver par milliers » Avec l’auxiliaire « avoir », l’accord se fait avec le C.O.D qui est « les ».
Il a vu arriver qui ? -> « les », C.O.D du groupe verbal « a vu arriver ».

Il a vu arriver les soldats par milliers -> Il les a vus arriver par milliers

/!\  Si « les » renvoie à un féminin, l’accord sera évidement au féminin pluriel -> Il les a vues arriver par milliers