C’était une lutte difficile, un combat contre l’entreprise qui l’avait formée et qu’elle avait tant aimée.
La personne qui s’exprime n’apparaît pas dans l’énoncé. Ce sont les pronoms |l’| et  |elle| qui sont en jeu ici. Il n’y a pas de ‘je’.
Les deux participes passés sont accompagnés de l’auxiliaire ‘avoir’
Si l’accord doit se faire c’est avec le COD à condition qu’il soit placé avant le verbe

– c’était une lutte contre l’entreprise qui l’avait formée
Le COD du verbe ‘former’ est |l’|, c’est à dire ‘la’ qui est féminin (puisque repris par le pronom ‘elle’
Il est placé avant > accord

– et qu’elle avait tant aimée
Le COD du verbe ‘aimer’ est |qu’| c’est à dire |que| reprenant le nom féminin singulier ‘entreprise
Il est placé avant > accord