Le plus souvent, il s’agit de la locution « avoir l’air » équivalente à sembler. L’adjectif ou participe qui suit est attribut et s’accorde donc avec le sujet. C’est le cas dans votre exemple : « L’empreinte montrait des griffes qui avaient l’air proéminentes.« 
Il arrive, essentiellement pour des êtres vivants, que le sujet ait vraiment mais ponctuellement un air particulier. On peut alors remplacer par « prendre un air » et l’adjectif s’accorde avec air, au masculin singulier.
Comparez :
– Elle a l’air sérieuse, on peut lui confier la mission.
– Elle a l’air sérieux de quelqu’un qui ne plaisante pas.

Nous sommes bien d’accord :  proéminentes est la bonne orthographe ?