Les rondins, l’excavation et tout ce qui ne dépassait pas plusieurs pieds de hauteur était enseveli.
On a là un groupe sujet (rondins, excavation, tout) dont un des éléments (tout) reprend tous les autres, c’est pourquoi l’accord du verbe se fait avec lui.

à moins que les rondins dépassent plusieurs pieds de hauteur.

Merci pour ce retour. Je suis tout à fait d’accord avec cette analyse. C’est la présence du « et » qui m’a fait douter…