Il faut comprendre pourquoi il y a ou non accord du participe passé et surtout avec quoi.
« En » est un pronom, dans les exemples que vous avez donnés.
Il n’y a jamais accord avec lui parce qu’il n’est jamais COD 
– dans certains cas, il indique un partitif qui serait  introduit par la préposition  « de »s’il était un nom ; or, un COD est justement construit directement après le verbe, c’est à dire sans préposition.
Je me suis acheté cinq livres, j’en ai lu deux = j’ai lu deux de ces livres/parmi ces livres
– dans d’autres cas il est complément d’objet indirect avec le sens de « de cela »
De vacances au soleil, j’en rêve = je rêve de cela
–> Il n’est donc jamais impliqué dans l’accord du participe passé
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Quand le participe passé qui suit « en » s’accorde avec quelque chose, c’est avec un autre mot, qui est COD, quand l’auxiliaire est « avoir » ou sujet quand l’auxiliaire est « être ».
Ils avaient réparé la maison. 1 Les avantages qu‘il en avaient retirés les récompensaient de leurs efforts.
Ici, le COD est « que », pronom reprenant « avantages ».
Voici les phrases de base de cette phrase 1 (complexe) :
Les avantages les récompensaient de leurs efforts
Il avaient retiré de cela*les avantages
*en >  d’avoir réparé la maison
L’accord du participe passé se fait avec le COD  « que » qui est masculin pluriel.

– Il y avait fait le clown. Elle s’en était amusée un moment
Cette fois-ci, l’auxiliaire étant « être », l’accord se fait avec le sujet.