Quels que soient tes motifs, tu n’aurais pas dû revenir ici.
Il faut en effet reformuler de façon à remplacer « quels » , qui est indéfini et de sens flou, par un attribut plus concret ; «  »quels » est en effet un adjectif attribut du sujet et est  placé avant le verbe, contrairement à ce qui se passe ordinairement :généralement l’attribut se place après le verbe, et cela qui peut troubler. Le mode subjonctif aussi peut rendre plus difficile de poser la question « qui ? »
Le sens est par(exemple) : 
Que tes motifs soient ou non sérieux, tu n’aurais pas dû revenir.
Que tes motifs soient privés ou professionnels, tu n’aurais pas dû revenir.
Que tes motifs soient bon ou mauvais, tu n’aurais pas dû revenir.

Ainsi formulé*, vous pouvez facilement poser la question « qui » pour trouver le sujet du verbe être : qui est-ce qui est  sérieux ou pas sérieux ? ( forcément le subjonctif disparaît) et la réponse est  évidente : motifs.

* on a remplacé l’adjectif indéfini « quels » par un couple d’adjectifs qualificatifs (antinomiques pour respecter le sens de « quels ».