Si vous utilisez l’indicatif vous soulignez le caractère réel, effectif du fait : L’essentiel est qu’il a fait ce qu’il fallait.

Si vous utilisez le subjonctif, l’attention se déplace  sur la principale qui exprime une réflexion. Le fait passe à l’état de propos : L’essentiel est qu’il ait fait ce qu’il fallait.